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导致自闭症的原因尚在研究之中。目前主流科学观点认为，神经内分泌、神经发育性障碍和基因因素是这种发展障碍的主要原因，而父母的社会经济地位以及养育方式并不会影响自闭症的病发率。
准确来说，自闭症是由遗传和非遗传因素，或环境影响因素共同作用的结果，这些因素增加了儿童患自闭症的风险。但重要的是，导致自闭症的风险因素并不等同于自闭症发病原因。例如，在普通人身上，也可以发现一些与自闭症相关的基因变化。同样，不是每个暴露在自闭症环境风险因素中的人，都会引致神经系统失调并影响到大脑功能。
导致自闭症的原因之一：大脑生物学的差异
这些遗传和基因紊乱因素是如何导致自闭症的呢？这些因素大多数影响到了早期大脑发育的关键点，改变了大脑神经细胞或神经元之间的交流方式，甚至是整个大脑区域之间的交流。最新影像学研究指出，自闭症患者大脑发育中存在结构性错误——执行多项任务的重要脑区如背内侧前额叶皮层（包括前扣带皮质）的功能和结构受损。现有研究证明，自闭症患者表现出特定于疾病的脑部功能钝化，如左背外侧前额叶皮层激活的减少和扣带回的后部减活化作用的减少。专家在继续对这些差异进行研究探索，以期开发出能够提高患者生活质量的治疗和支持方法。
导致自闭症的原因之二：其他共病的影响
有特定疾病背景的儿童，患自闭症谱系障碍或自闭症状的风险，高于平均水平，这取决于受到疾病影响的神经是否涉及行为、思维、感知觉和情感等多方面的障碍以及精神活动的不协调。例如包括脆性X综合征，一种导致智力问题的遗传性疾病；结节性硬化症，一种大脑良性肿瘤；蕾特氏症，一种几乎只在女孩中发生的遗传疾病，会导致头部发育缓慢、智力残疾或是双手失用。
